洁净室的建设是一个系统工程，也是一个造价相对较高的建筑，它是为据点的工艺和产品生产的需要而建造的。当工艺流程稍有改变就会影响到整个机构及平面布置的变化，当然这种变化是连锁反应的，随着变化的还有通风空调过滤系统的改变。同一种工艺也可以采用不同的平面布置方案，不同的布置方案也会影响到最终的投资以及运行、管理成本。因此，较为合理的设计以及综合因素的考虑是要在设计开始阶段编制设计构想（设计原则性方案）。将其作为建设洁净室前期阶段是必不可少的。在投入较少的费用下编制设计构想，可以确定不同的设计方案，综合考虑多方面的因素，对未来工艺变更及可扩展性及投资运营费用做出估算，有根据的编制初步设计。良好的设计构想为理解各个方案提供了清晰的根据。
初步资料的整理和分析是设计的关键，当最初的资料整理不完善或是存在欠缺都会对后期的设计以及施工存在隐患，会产生不现实的设计方案。
例如设计的依据，工艺产品的类型，建设地点的地理因素，行业的可发展性，产量和规模等等。
关键性的设计文件，是否符合该产品的工艺及国家的相应标准规范要求，例如在药品生产行业的洁净室中，是否符合GMP验证就是一个重要的因素，在饮料罐装中是否满足QS质量安全的验证，在某种芯片生产制造中是否有不允许出现的化学因素影响等等。
应综合考虑市场前景及工艺生产产量的需求，产量的大小决定了后续投资的可扩展性及平面布局基础的大小，考虑车间生产能力的余量以及增加产量和改变品种及工艺的可行性。在复杂和不确定的情况下，最好做市场调研和技术经济分析以及风险性分析。
明确工艺生产的流程，材料、原料，生产中需要的洁净度，设备的大小及运行方式，各工位的需求等等。
根据最初的设计原则布置该方案，并融合工艺的原理及流程，标明人流、物流的走向。在有些情况下还应标明疏散路线，清楚废物的途径，后前期安装及续扩展中大设备就位的迁移。符合规范的验证布局等等。
列出设备的规格和数据，包括尺寸、重量、运行及安装条件，使用的介质载体，还应考虑给予洁净区内设备配套的设施以及各种辅助条件的影响。
考虑生产班组的班次，男、女员工的数量，工作的性质是固定在工作岗位还是流动的，并考虑技术维修工作量和洁净室的监控等。
说明洁净室和洁净区的清扫及运行周期，各洁净室的洁净度、压差、温度、湿度、压差等等，并注明控制的定期性。
对产品和质量有影响的严格生产过程和设备提出鉴定要求，对洁净室结构及工程系统的安装要求等。
墙壁、吊顶、地坪、门、窗等的要求，保护辅助设备的安装及使用部位，如传递窗、风淋室等。
符合洁净室要求的通风空调过滤系统，新风及排风系统，室内的工况要求，过度季节以及运行中的考虑。
废气、废水及工艺废品的无害化处理及再生利用。
防火、防爆要求及措施，还要确定影响其他设计以及后续运行中的安全技术问题。
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